Bueno, para todos aquellos que estén experimentando fallos con googleanalytics al pasar o instalar la versión 1.4.0.1 de magento, aquí va una solución temporal (temporal por que se toca el core):

Localizar el archivo: app/code/core/Mage/GoogleAnalytics/Block/Ga.php

Antes de:

_gaq.push(["_setAccount", "' . $this->getAccount() . '"]);
_gaq.push(["_trackPageview", "'.$this->getPageName().'"]);

Insertar esta línea:

var _gaq = _gaq || [];

Localizar el archivo: app/code/core/Mage/GoogleAnalytics/Model/Observer.php

Cambiar:

$analyticsBlock->setQuote($quote);

Por:

            if ($quoteId == $quote->getId()) {
                $analyticsBlock->setQuote($quote);
            } else {
                $analyticsBlock->setQuote($quoteId);
            }

Con esto debería volver a funcionarnos, pero atentos, es cosa de core, así que esperaremos a que nos lo incluyan en una futura release.